Po zajęciu przez hitlerowców Czech i Moraw został objęty restrykcjami wobec osób żydowskiego pochodzenia. W 1942 deportowano go wraz z rodziną do obozu koncentracyjnego w Theresienstadt, gdzie nie przestał komponować, organizował także koncerty dla współwięźniów. W obozie napisał około dwudziestu utworów, w tym trzy sonaty fortepianowe, pieśni chóralne, a także wiele pieśni do tekstów żydowskich, hebrajskich oraz do poezji Hölderlina, Meyera, Trakla i Rilkego. Najsłynniejsze dzieło Ullmanna Cesarz Atlantydy do libretta Petera Kiena, zostało ukończone na początku roku 1944 i nigdy w obozie nie zostało wystawione.
W dniu 16 października 1944 został skierowany transportem do obozu zagłady Auschwitz-Birkenau, gdzie dwa dni później zginął w komorze gazowej II. Podobny los spotkał młodego poetę, autora libretta Petera Kiena. Partytura cudem przetrwała wojnę, prapremiera opery miała miejsce w amsterdamskim Bellevue Theater 16 grudnia 1975, dzieło pokazano następnie w licznych krajach europejskich i amerykańskich oraz w Izraelu. Do najbardziej znanych realizacji należą produkcje z Berlina (1989) i Monachium (1992/93). W 2005 Cesarza Atlantydy w reżyserii Tomasza Koniny wystawiono w Warszawskiej Operze Kameralnej.
W roku 2002 założono fundację Viktora Ullmanna, zajmującą się upamiętnieniem twórczości kompozytora oraz muzyków z Theresienstadt.
Wymowa Cesarza Atlantydy, treść, przesłanie duchowe oraz ranga artystyczna kompozycji pisanej w stanie zagrożenia składają się na dzieło wyjątkowe. Ten wstrząsający zwłaszcza ze względu na okoliczności powstania utwór stanowi olbrzymie wyzwanie dla inscenizatorów. W Operze Krakowskiej realizacji premiery podjęła się Beata Redo-Dobber. Pierwsze krakowskie wykonanie spektaklu odbędzie się w 66. rocznicę Powstania w Getcie Warszawskim.
Kolot min HaShoah (Głosy Holokaustu) to oratorium poświęcone ofiarom Holocaustu. Utwór o przejmującej muzyce został skomponowany do tekstów biblijnych, pieśni i modlitw w języku jidysz, hebrajskim i angielskim. Ta piękna pieśń pamięci zawiera, także wstrząsające obrazy Powstania w Getcie Warszawskim. Autorem oratorium jest David Eddleman, znany amerykański kompozytor muzyki chóralnej. Jego utwory chóralne, instrumentalne i solowe są wykonywane w Europie i obu Amerykach. Kolot min HaShoah miał swoje prawykonanie w Nowym Jorku w 1995 roku.
Juliusz Multarzyński